Élevage

Caprin : Des ambitions dans la génomique

Depuis la campagne 2018-2019, la génomique a démarré pour les races alpines et saanen sur les boucs en centre de sélection.

L’indexation caprine concernait essentiellement la production laitière et la composition du lait. Au cours de ces dernières années, les efforts de production de nouveaux index ont porté sur la morphologie de la mamelle et la prise en compte des comptages cellulaires. Aujourd’hui, de nouveaux index sont attendus, principalement via la génomique.
Cette dernière est en effet utilisée en routine depuis l’automne 2018 dans le choix des jeunes boucs entrant au centre de sélection, à Mignaloux-Beauvoir (86). Finie la phase de testage, où durant 30 mois, les boucs étaient testés en aveugle sur leur descendance en élevage… Les mâles issus des accouplements programmés sont dorénavant génotypés, ce qui permet un tri plus sélectif avant l’entrée au centre de sélection. Et leurs semences sont plus rapidement proposées sur le terrain selon l’offre de doses réservées à l’éleveur en fonction de son implication dans le schéma.

Gagner un intervalle de génération

« Les jeunes boucs prometteurs sont ainsi utilisés comme père à boucs dès leur première année, grâce à des niveaux de fiabilité des index supérieurs, ce qui permet de gagner sur intervalle de génération », indique Audrey Poureau, chef de mission Gènes Avenir. Cela accélère le gain génétique chaque année, le niveau génétique des jeunes séries rentrées au centre de sélection étant supérieur aux séries présentes avant la génomique (cf. graphique). Ces boucs génomiques, dont les données sont confirmées sur leur descendance, se retrouvent ensuite classés dans les catégories de boucs “Gènes Avenir”, “Sélection” ou “Programme”.

Vers un développement de la génomie en élevage

« Nous allons continuer d’utiliser cette technologie sur les jeunes boucs dans le schéma. Une nouvelle puce génomique spécifique à la race caprine vient de sortir, pouvant balayer d’autres points du génome et ouvre de nouvelles perspectives. » En particulier, elle devrait améliorer la fiabilité des index. Et, l’indexation gagnant en automatisation tout au long de la chaîne de sélection, cela ne devrait plus être un frein au déploiement, dans un futur proche, de la génomie en élevage. La mise en place de la chaîne de prélèvements et l’étude de la fiabilité des données pertinentes à diffuser en élevage est en cours. « Cette évolution permettra aussi d’aller chercher de nouveaux critères de sélection sur un nombre de descendants moins nombreux. Les premiers critères pourraient concerner la fertilité, l’efficacité alimentaire, la résistance au parasitisme… Ces critères techniques étaient mis de côté jusqu’à présent dans un système de sélection “classique” sur descendance car les données sont difficiles à mesurer, vu le volume d’informations conséquent à collecter pour réussir à calculer un index fiable. ».

Mutualiser les compétences autour de la génétique et de la reproduction
Le programme Gènes Avenir, créé il y a quatre ans, a pour ambition de réunir les partenaires – organisme de sélection européen Capgènes, coopératives de mise en place et contrôle de performances – qui œuvrent dans les élevages autour de la reproduction et de la génétique, « pour porter un projet commun et mutualiser les compétences à des fins de développements de nouveaux outils, tout en rendant la génétique accessible à tout élevage », explique Audrey Poureau, chef de mission Gènes Avenir. Une enquête réalisée fin décembre a permis aux chevriers d’exprimer leurs souhaits :

  • . Optimiser la fertilité en élevage d’abord via un accompagnement des éleveurs par le bilan fertilité (lancé il y a deux ans) puis par l’élaboration d’un index fertilité pris en compte à partir de 2020 dans le schéma
  • . Ce projet est en cours, avec l’élaboration d’un index fertilité pris en compte comme indicateur dans le schéma de sélection (accouplements programmés et boucs en sélection) dans un premier temps. Selon les résultats d’une étude de pertinence en cours, cet index pourra être diffusé sur les femelles à moyen terme.
  • . Disposer d’un conseil en stratégie génétique. Des nouveautés sur ce service seront proposées dès cette année.
  • . Assouplir la mise en place du contrôle de performances : ce dernier s’ouvrira au contrôle par l’éleveur (protocole B) en 2021.
  • . Accompagner davantage les éleveurs qui souhaitent s’engager vers des protocoles alternatifs (IA sur chaleurs naturelles).

Et les semences sexées ?

En pleine crise de valorisation des chevreaux depuis le confinement liée à la pandémie de la Covid-19, la question des semences sexées est souvent d’actualité et les réponses se veulent pressantes. « La technologie fonctionne mais il reste à vérifier son impact sur la fertilité ». Un résultat à ne pas dégrader alors que le taux de réussite à l’IA (non sexée) se situe actuellement autour de 60 %.

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