Les bactéries de l’intestin se dévoilent

Les variations de performance de l’animal (efficacité alimentaire, défenses immunitaires...) sont en lien avec son écosystème microbien digestif. Comment identifier et sélectionner les bons ensembles bactériens ? La recherche sur le microbiote intestinal en est à ses débuts. Il n'empêche, l'Inra et ses partenaires danois et chinois, ont publié, cette année, un catalogue de plus de 7 millions de gènes bactériens, élaboré à partir du séquençage de l'ADN fécal de 287 porcs représentatifs de la diversité de l'espèce. Des mêmes gènes sont retrouvés chez tous les porcs, qu'ils soient créoles, élevés en Guadeloupe, Large White chinois, Duroc danois et même nains, dans les locaux de l'Inra. Il existe cependant une grande variabilité individuelle. « La génétique de l'hôte a une influence sur la composition du microbiote », indique Claire Rogel Gaillard, chercheuse à l'Inra. « L'âge également. Il semble que le microbiote se stabilise après 35 jours d'âge. Cela confirme ce qui a déjà été montré chez l'homme : une stabilité après l'adolescence. Nous avons noté des différences selon le sexe, entre mâles entiers et femelles ; le microbiote des mâles castrés semble plus proche de celui des femelles ». Caractériser les microbiotes favorables Les chercheurs ont mis en évidence la présence de gènes de résistance aux antibiotiques chez tous les porcs, indépendamment du pays d’origine. La charge en gènes de résistance est beaucoup plus élevée chez les porcs chinois, qui consomment bien plus d'antibiotiques. « Les résultats confirment l’intérêt de diminuer l’usage des antibiotiques dans l’alimentation animale pour réduire le risque d'antibiorésistance et de dissémination dans l'environnement ». La recherche permettra sans doute, à terme, de caractériser les microbiotes favorables à de bonnes performances zootechniques (santé, efficacité alimentaire, bien-être...). Certains entérotypes sont déjà suspectés de favoriser la croissance grâce à leur richesse en bactéries capables de digérer des aliments riches en fibres. L'hypothèse reste à confirmer. La recherche pourrait aussi permettre d'identifier les leviers pour orienter cet écosystème microbien.

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