Le gain de précision des index de prolificité des truies, depuis l’instauration de la sélection génomique en 2015, est estimé à 30 %. D’autres critères majeurs pourraient bénéficier de cette nouvelle technologie.
La plupart des schémas de sélection des lignées maternelles bénéficie désormais, en routine, de la sélection génomique. « C’est une méthode d’autant plus efficace que les critères recherchés sont peu héritables ou qu’ils s’expriment tardivement comme dans le cas des performances de reproduction », explique Alban Bouquet, de l’Ifip. Après le contrôle en ferme à 100 kg où intervient le choix des futurs reproducteurs, il faut attendre encore 6 mois avant d’avoir les résultats d’une première portée pour les femelles, puis encore quelques mois pour une éventuelle confirmation… Une analyse génomique sur un porcelet mâle ou femelle permet d’économiser ce laps de temps. « La fiabilité est bonne. En moyenne, il y a peu de variations importantes entre l’index génomique estimé en tant que candidats et l’index estimé sur descendance de l’animal à partir des données réelles ». Le bilan sur ces critères de prolificité en lignées femelles est donc positif.
Un réel intérêt pour la qualité de la viande
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Alban Bouquet, ingénieur Ifip (pôle génétique).[/caption]
L’intérêt de cette méthode de sélection sur les lignées mâles est moins évident. « L’efficacité alimentaire et la croissance des verrats se mesurent directement sur un nombre de candidats de plus en plus important. Ces caractères étant relativement héritables, l’intérêt d’une information génomique est moindre. La génomique pourrait trouver un réel intérêt dans le cas d’autres caractères comme la qualité de la viande, par exemple ». Aujourd’hui, cette qualité des viandes ne peut s’évaluer que sur des animaux abattus, ne pouvant plus transmettre leurs gènes.
Au lancement de cette méthode de sélection, une puce à ADN coûtait une centaine d’euros. À technologie équivalente, ce coût est aujourd’hui divisé par deux voire trois. « En réduisant le nombre de marqueurs génétiques sur la puce, il est encore possible de réduire le coût de génotypage. À partir de ces génotypages “basse densité”, on peut reconstruire des génotypages “haute densité” de façon très précise ce qui permet de réduire les coûts sans perdre en précision de la sélection. » Le protocole de sélection peut être également différent entre entreprises de sélection. « En général, les organismes de sélection réalisent une première sélection d’animaux avec une évaluation génétique conventionnelle. L’optimum en termes de coût – bénéfice est de génotyper les 15 à 20 % meilleurs candidats sur valeur génétique pour conserver les 3 à 5 % meilleurs sur valeur génomique. C’est économique et efficace en termes de progrès génétique. »
Animaux croisés
La sélection génomique ouvre aussi de nouvelles perspectives pour intégrer les performances d’individus croisés pour la sélection des reproducteurs des lignées de race pure. « Nous remarquons qu’une corrélation favorable existe entre les animaux de race pure et leurs descendants croisés, mais n’est pas toujours parfaite. L’environnement, le sanitaire ont une influence. Nous travaillons également avec l’Inra sur l’effet du croisement (hétérosis) pour choisir les reproducteurs de race pure afin de maximiser les performances des animaux croisés. » À l’avenir, ces méthodes fines de sélection permettront de mettre en valeur de nouveaux critères d’intérêt pour le monde de l’élevage ou celui de l’industrie de la viande.
