Productions Agricoles

La génomique, premier bilan

Pour Armor Prim’Holstein, Anne Sophie Tyran de Prim’Holstein France dresse un bilan des premières années génomiques de la sélection.

Vendredi 20 décembre, à Trébry (22), Anne-Sophie Tyran, du service R&D de Prim’Holstein France, était l’invitée de l’assemblée générale du syndicat Prim’Holstein des Côtes d’Armor. Objectif : tirer un premier bilan de la génomie. La jeune femme a d’abord rappelé les évolutions majeures du système ces dernières années. « En juin 2009, seuls 19 index étaient publiés. En février 2012, c’était 44. » La fiabilité et la précision de l’indexation génomique n’ont cessé de progresser parallèlement à l’élargissement de la population de référence sur laquelle elle s’appuie. « En juin 2009, cette base était constituée de 2 000 taureaux. De 4 000 en octobre 2009 et de plus de 16 000 mâles depuis juin 2010 et le partenariat Eurgenomics avec l’étranger. » Avant juin 2010, la sélection par marqueur (Sam) se concentrait sur moins de 50 régions chromosomiques.

Depuis, la sélection génomique est basée sur le suivi de 600 régions. Des progrès qui ont accompagné notamment la refonte de la formule de l’Isu en février 2012 « donnant encore plus de poids aux critères fonctionnels et intégrant la vitesse de traite. » Si tous les index sont devenus génomiques depuis juin 2011, Anne-Sophie Tyran concède que la filière a vécu « une grosse période d’évolution qui s’est traduite par de fortes variations dans les tableaux », tandis que la fiabilité s’améliorait : en février 2009, la moyenne des coefficients de détermination (CD) des taureaux était de 59 contre 71 en février 2011. Malgré tout, l’ingénieur rappelle qu’avec « un CD de 70, il faut s’attendre à des variations, à des surprises. »

Raisonner au groupe de femelles et utiliser plusieurs jeunes taureaux pour sécuriser

Alors comment bien utiliser ces jeunes taureaux génomiques qui permettent de réduire le délai entre deux générations, « d’aller plus vite » mais dont les premiers index sortent avec des CD faibles ? Pour Anne-Sophie Tyran, la génomique fonctionne si on utilise plusieurs taureaux sur un groupe de femelles. « Imaginons que vous avez besoin de 10 paillettes pour inséminer un lot de génisses. Si vous prenez 10 paillettes d’un même jeune taureau génomique à 70 de CD, vous courez tous les risques de la plage de variation de ce coefficient faible. Si vous choisissez 5 doses de deux mâles différents, c’est comme si vous utilisiez un seul taureau à 85 de CD.

Enfin, choisir 2 doses de 5 jeunes taureaux au CD de 70 équivaut à miser sur un seul taureau ayant un CD de 95. » Autrement dit, avec la génomie, en ne mettant surtout pas tous ses œufs dans le même panier, on limite les risques comme si on optait pour un taureau très confirmé. « Oui, avec la génomie, on va plus vite mais c’est moins sécurisant. Il faut raisonner sur un groupe de femelles et accepter d’avoir quelques surprises alors que globalement ça progresse positivement. » Par contre, quand on raisonne à l’individualité, par exemple pour une vache à concours, « il vaut mieux sécuriser en utilisant un taureau confirmé avec un fort CD ». Toma Dagorn 

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