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Comparaison n’est pas raison

Comparer des index de 2009 avec des index de 2013 est un mauvais calcul. Explications de Thierry Ménard, responsable des techniciens à Prim’Holstein France.

Quand les centres d’insémination ont pris le virage de l’index génomique en 2009, l’urgence était surtout commerciale. Objectif : sortir des taureaux génomiques au plus vite pour ne pas être pris de cours dans un mouvement partout amorcé dans le monde en génétique bovine. Sont alors sortis des taureaux au CD moyen de 0,59. Ce cœfficient de détermination qui donne une indication sur la précision des index était bas comparativement aux taureaux testés sur descendance jusque-là présents au catalogue. « Un CD de 0,59 signifie que, pour un poste comme la morphologie, 95 % des taureaux vont d’un index – 0,3 à + 2,3 ». Ce qui veut dire qu’en choisissant un tel taureau l’éleveur peut très bien tirer un très bon numéro, mais également un mauvais.

Chercher un escargot sur 10 km

Que de changement depuis ces premiers pas dans le monde de la génomique a expliqué T. Ménard lors d’une intervention à l’assemblée générale d’Holstein Finistère. « En 2013, le CD est en moyenne de 0,7 », a-t-il cité, en soulignant que la précision est montée crescendo. « En 2009, on connaissait 48 marqueurs génétiques ; en 2013, on était à 600 régions génétiques connues », poursuit-il, en prenant comme image comparative une route balisée avec un plot tous les 10 km en 2009 et tous les 100 mètres en 2013. Et de faire cette digression humoristique : « Chercher un escargot entre des plots fixés à 100 m d’écart est toujours plus aisé que lorsqu’ils sont distants de 10 km ». Pour la recherche d’un gène d’intérêt, c’est identique, sauf que l’on est dans l’infiniment petit. « En fait, les index sont fiables depuis 2011. Et en tout état de cause, il n’est pas judicieux de comparer des index 2009 et 2013 ». D’autant plus qu’en 2009 les index étaient calculés sur le niveau d’une population de 2 000 taureaux de référence et qu’à partir de juin 2010, celle-ci s’est étoffée à 16 000 taureaux grâce à la base Eurogenomics. « En clair, la précision et la fiabilité ont nettement progressé ». Quand les généticiens s’exercent à comparer des taureaux génomiques de 2009 et 2013, ils observent que la corrélation est de 0,27. Autrement dit on a à peine un peu plus d’une chance sur 4 pour que le taureau avec un Isu 2009 soit aussi élevé en 2013. « C’est un peu mieux sur le poste morphologie puisque la corrélation est de 0,55 et encore un tout petit mieux pour les cellules (0,59) », cite T. Ménard.

Varier les taureaux

Aujourd’hui, la méthode de calcul des index génomiques continue d’évoluer pour aboutir à toujours plus de précision. « Depuis février 2011, le calcul des caractères fonctionnels s’appuie sur une formule qui intègre des performances combinées alors qu’auparavant il découlait de performances directes ». Cinq ans après le lancement des premiers index génomiques, la stratégie d’accouplement conseillée demeure toujours de diluer les risques en multipliant le choix des taureaux pour un élevage. « Car avec un seul taureau, vous serez sur un CD moyen de 0,70 alors qu’en utilisant plusieurs on arrive statistiquement à 0,94 de CD ». Soit une précision qui n’a rien à envier aux taureaux testés sur descendance.

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