Dans le temps, la sélection se faisait à l’œil. D’une bonne vache saillie avec un bon taureau, le paysan espérait un bon veau. Puis, les herd-books ont permis une sélection sur le pedigree. La vache issue de telle généalogie se devait d’être meilleure que telle autre. Dans certaines races, on en était même arrivé à l’aberration d’acheter un nom d’éleveur réputé plus qu’un reproducteur pour ses qualités propres…
Puis, depuis les années 60, les éleveurs ont utilisé la sélection sur descendance pour trier leurs animaux. Une technique devenue utilisable grâce à la congélation de la semence. Jusqu’en 2008, tous les taureaux d’insémination étaient sélectionnés selon cette méthode. Les performances des filles d’un taureau servaient à calculer son index. D’abord à partir de ses filles de testage, puis les index étaient confirmés avec les performances des filles dites de service.

Lire le livre de la vie

À partir de 2009, s’ouvre une nouvelle ère dans la génétique bovine. Pour calculer l’index, les généticiens lisent la molécule d’ADN du taureau. Les spécialistes appellent cette nouvelle méthode de sélection Sam2 (sélection assistée par marqueurs de 2e génération). Cette nouvelle technologie permettra à terme de prédire la valeur génétique du veau à sa naissance. À peine sèche, on saura si Marguerite sera bonne laitière, si elle aura beaucoup de TP, etc.
Pour l’heure, les généticiens ne connaissent pas tout le livre de la vie qu’est le génome. Un génome que Marc Bolard, directeur des programmes laitiers à Créavia, compare volontiers à l’encyclopédie Universalis et ses 3 milliards de lettres. « Au point de départ de la génomique, nous connaissions 40 lettres ; Aujourd’hui, nous en sommes à 54 000 », explique-t-il, précisant que ce nombre est suffisant pour commencer à bien lire le capital génétique d’un bovin. Suffisant en tout cas pour parvenir à sélectionner des taureaux avec la même précision que la sélection sur descendance. Dès 2010, les coefficients de détermination (les fameux CD) de la génomique équivaudront à ceux obtenus par l’intermédiaire de la sélection sur descendance.
Cette possibilité de lire le génome ouvre des perspectives intéressantes en matière de génétique. Avant il fallait attendre 6-7 ans avant de connaître la valeur génétique d’un taureau. « Avec la génomique, on gagne 5 ans sans perdre en précision de sélection ».

Avancer sur les deux tableaux

Du reste, cette technologie permet d’avancer sur deux tableaux : la voie mâle avec les taureaux des CIA ; la voie femelle en élevage. Alors qu’avec la sélection sur ascendance, le CD des vaches était de 0,3 (autrement dit, on ne maîtrise que 30 % de la valeur génétique), avec la génomique les vaches pourront aussi prétendre rapidement à un CD de 0,6, avec annulation du biais qu’est l’effet troupeau.
Cette nouvelle technologie permettra de multiplier par deux le progrès génétique annuel et ramener à 2,5 ans l’intervalle entre générations en avançant simultanément sur les deux voies, mâle et femelle. En clair, la sélection des femelles, longtemps délaissée pour des raisons techniques, pourra faire un bon en avant rapide. Après, il faudra juste que ça suive dans l’auge pour valoriser cette génétique…

Didier Le Du

Photo : Les technologies de dernière génération sont à la base de la nouvelle sélection bovine (Crédit photo : UNCEIA).

Des caractères marqués à la trace

Au sein du génome, les caractères sont déterminés par des régions.  Ces régions sont appelées QTL (Quantitative Trait Locus).
Les QTL présentent des formes (ou allèles) associées à des effets différents sur les caractères.
Le suivi des différents allèles d’un QTL de génération en génération est réalisé à l’aide de marqueurs (54 000).
Le suivi des allèles des QTL par ces marqueurs permet donc de prédire la valeur d’un reproducteur, sans recours aux performances mesurées sur l’animal ou ses descendants.
« La situation ultime de la SAM2 est d’expliquer toute la variabilité génétique grâce aux marqueurs, c’est ce qu’on appelle la sélection génomique », explique Marc Bolard.