Trier les animaux en ferme ou dès l'abattage, en fonction de la qualité de la viande des individus, pour les orienter vers un processus de transformation le mieux adapté, sera possible à l’avenir.
Les critères de qualité (technologiques, sensoriels ou nutritionnels) sont déterminés par la présence de gènes majeurs (Hal, RN…), par les caractéristiques tissulaires (teneur en lipides, enzymes, fibres, collagène) ou par les conditions d'abattage des animaux. Les caractéristiques musculaires connues sont cependant insuffisantes pour expliquer la variabilité de la qualité des viandes. "Chez le porc, 10% seulement de la variabilité de la qualité de la viande (goût) s'explique par une variabilité des lipides intramusculaires. Seulement 30% de la variabilité de la tendreté de la viande bovine s'explique par une variabilité des caractéristiques musculaires", affirme Florence Gondret, de l'Inra de Rennes. Le déterminisme est donc multifactoriel. "La recherche de nouveaux marqueurs de qualité est essentielle pour répondre aux besoins de la filière".

 

Génomique fonctionnelle

La génomique, qui étudie simultanément l'expression de l'ensemble des gènes d'un individu, vient au secours des chercheurs. Elle constitue une avancée importante par rapport à la génétique moléculaire classique qui analysait certains gènes un par un. L'analyse structurale du génome permet de connaître l'organisation de l'ADN et la disposition des gènes sur les chromosomes. L'analyse fonctionnelle permet de connaître la fonction de ces gènes, leurs interactions et l'expression des protéines. "La génomique fonctionnelle est donc un moyen de prédire les phénotypes des individus".

Marqueurs de qualité

La protéomique, l'une des sciences de la génomique fonctionnelle, qui étudie l'ensemble des protéines exprimées dans le génome, permettra une meilleure maîtrise de la qualité de la viande et des produits transformés. Elle présente l'avantage, par rapport à la transcriptomique (étude des ARN messagers), d'être utilisable après la mort de l'individu. "L'expression des protéines peut être suivie en post mortem, ce qui permet de suivre la dégradation protéique dans la viande durant la phase de maturation". L'analyse des échantillons de viandes, plus ou moins grasses ou plus ou moins tendres, permet d'obtenir des profils protéiques (sortes de codes barres). La comparaison de ces profils permet de repérer les protéines qui diffèrent. La corrélation avec l'aspect de la viande peut, par exemple, mettre en évidence l'implication de certaines protéines dans les différences de teneur de gras intramusculaire et permet donc de trouver de nouveaux marqueurs. En pratique, les expérimentations se font sur deux races extrêmes en terme d'adiposité (Large White et Basque).
L'identification des marqueurs moléculaires des qualités sensorielles et technologiques des viandes, grâce à la génomique fonctionnelle (protéomique mais aussi transcripnomique), devra ensuite être validée sur d'autres races et dans d'autres systèmes de production. L'analyse des signatures protéiques et moléculaires permettra, dans un proche avenir, de garantir une qualité constante des produits commercialisés en différenciant précocement la qualité de viande des individus.

Bernard Laurent

 

Photo : Florence Gondret, chercheur à l'Inra, est intervenue lors d'un séminaire sur les enjeux de la génomique organisé par Bioporc (Organisations de sélection et Ifip), vendredi dernier à Rennes.

 

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Un gain de temps pour une meilleure précision

 

La sélection porcine classique se base essentiellement sur deux types d'information (généalogie de l'animal et mesure du caractère d'intérêt) pour estimer la valeur génétique d'un reproducteur. Un nouvel outil, la génomique, analyse l'ADN d'un individu (sur échantillon de sang, de poil…). Le génotypage, désormais rapide et peu coûteux grâce à de nouvelles techniques de séquençage du génome, permettra de sélectionner ou d'éliminer l'éventuel reproducteur très tôt (sélection sur gènes). Le gain de temps est appréciable pour les caractères qui ne peuvent être mesurés que tardivement aujourd'hui (longévité, fertilité, prolificité). La génomique est également intéressante pour les caractères dont l'évaluation classique est coûteuse (qualité des carcasses, efficacité alimentaire), ou pour les caractères peu héritables (résistance aux maladies, anomalies). Le séquençage complet du génome porcin est prévu pour 2009.