La génomique révolution-ne la sélection bovine laitière. Le potentiel des futurs reproducteurs, mâles ou femelles, est connu, dès la naissance de l'individu, grâce à l'analyse de leurs gènes. Les éleveurs laitiers disposent de ces informations génomiques pour réaliser les accouplements, sur leurs troupeaux. Pourquoi la sélection génomique porcine n'en est-elle qu'à ses balbutiements, alors que les outils existent (puces à 50 000 marqueurs)? « L'intérêt économique de la sélection génomique est moins évident dans les espèces à cycle court », explique Didier Boichard, chercheur à l'Inra de Jouy en Josas, lors d'une intervention au Space. En porc, contrairement au bovin où le testage sur descendance était à la base de la sélection, l'intervalle de génération n'est pas compressible. Il est déjà au minimum biologique. « Le gain potentiel concerne l'augmentation de la précision et, surtout, la prise en compte de nouveaux caractères ». Le coût du génotypage incite à la prudence. Un coût à mettre en relation, d'une part, à la faible valeur des animaux et, d'autre part, au coût et à l'efficacité de la sélection actuelle. « Le star système n'existe pas en porc. Aucun verrat n'est connu mondialement, contrairement aux taureaux ou aux chevaux ». Autre frein, et non le moindre, la production porcine est basée sur le croisement de races pures, à deux ou plusieurs voies. « Il n'est pas forcément évident de retrouver le progrès génétique observé chez les individus de deux races mères, pour un critère donné, sur les issus de leur croisement ».

Effets du milieu

Malgré ces freins, il semble difficile, pour les unités françaises de sélection, de rester en dehors de la compétition mondiale. Des organismes étrangers ont déjà démarré des travaux de recherche . Elles se sont donc groupées autour d'un programme de recherche commun. « Nous allons génotyper des individus de lignées pures, des truies issues d'un premier croisement (F1) mais aussi quelques milliers de terminaux, de manière, au final, à caractériser les populations pures. C'est possible car les terminaux sont les produits d'un ou deux croisements seulement ». Les stations expérimentales pourraient servir à collecter les informations, en établissant les relations phénotype-génotype, préalable indispensable au traitement des données. La production commerciale est dans un environnement moins protégé et optimisé que la sélection. « Il y a des possibilités d'interaction  génotype-milieu, limitant l'efficacité de la sélection actuelle ». Le gain génétique en lignée pure ne se reproduit pas forcément en élevage conventionnel, compte tenu de l'environnement. « Une formule 1 ne roule pas très bien sur un chemin creux ». Le génotypage et le phénotypage de charcutiers, en élevages sous contrats, fait également partie du programme.

Gains supérieurs aux coûts?

Les résultats escomptés concernent l'appréciation de nouveaux caractères, tels que la résistance aux maladies, la qualité de la viande, la vitalité des porcelets à la naissance ou le comportement des truies à la mise bas. Les gains obtenus devront être suffisants pour couvrir les coûts de recherche. Les produits, verrats ou cochettes, commercialisés à l'avenir par les organisations de sélection, à des prix plus élevés intégrant  les efforts financiers de recherche, devront être réellement plus performants sous peine d'être concurrencés par des produits plus basiques, moins chers, ayant simplement profité des efforts de sélection classiques tels que réalisés actuellement, sans l'innovation de la génomique.

Bernard Laurent

Photo : La prédiction de la valeur génétique d'un porc à partir de marqueurs sur le génome ouvre de nouvelles perspectives à la filière (sélection de nouveaux caractères tels que la vitalité des porcelets ou la résistance aux maladies). Les sélectionneurs français s'engagent, unis, dans la recherche génomique, mais, à pas feutrés.

L'avance des bovins laitiers

La disponibilité des outils techniques de génotypage date de 2007, pour les bovins laitiers, de 2009 pour les porcs et les poules. La génomique est une alternative au testage sur descendance des taureaux, long (5 ans) et coûteux (40 000 euros par taureau). La population de référence, en bovin, est hautement informative. L'ensemble des taureaux testés sur descendance sont évalués dans le cadre d'un contrôle de performances très développé en volume et en nombre de caractères. Les liaisons génotype-phénotype ou données évaluées sont donc nombreuses et facilement mises en évidence. Enfin, la profession, dans son ensemble, est depuis longtemps investie dans le domaine de la sélection.